Comentario
Los primeros años del siglo XVI significaron también un reajuste de la organización colonial. En 1501 se nombró gobernador de la Española a Nicolás de Ovando, al año siguiente se inició la instalación de colonias en Tierra Firme y en 1503 se creó la Casa de la Contratación.
Fray Nicolás de Ovando fue nombrado gobernador de la colonia fundada por Colón para organizarla convenientemente. Llegó a Santo Domingo en 1502 con una enorme flota de 32 buques y 2.500 hombres e inició una administración en la que se perfiló ya nítidamente lo que sería el futuro régimen colonial español. Remodeló totalmente la ciudad de Santo Domingo, a la que dotó de buenos edificios y de un hospital; emprendió unas campañas sistemáticas contra todos los indios rebeldes hasta dominar totalmente la isla; fundó luego numerosas poblaciones (Puerto Plata, Salvaleón, Santa Cruz, Puerto Real, Lares de Guahabá, Santa María de la Vera Paz, etc.); incrementó la agricultura (introdujo muchos cultivos europeos) y la ganadería (se desarrollaron los ganados porcino, bovino, caballar y mular); y además organizó la minería, para lo cual creó las fundiciones reales de oro. Ovando implantó el sistema de explotación indígena mediante el famoso repartimiento, que se impuso por cédula del 20 de diciembre de 1503: "cada cacique acuda con el número de indios que vos (el gobernador) le señaláredes a la persona o personas que vos nombráredes, para que trabajen en lo que las tales personas les mandaren, pagándoles el jornal que por vos fuere tasado; lo cual cumplan como personas libres". El repartimiento originó una gran mortandad indígena, ya que los naturales no estaban acostumbrados a un sistema laboral intensivo. Se recurrió entonces a traer indios de las Lucayas, con idéntico resultado. El Gobernador ordenó también en 1503 el traslado de los indios a poblados, con objeto de facilitar su evangelización y policía (cuidado), además de facilitar su utilización como mano de obra. Otras de sus realizaciones fueron mandar circunnavegar las islas de Santo Domingo y Cuba, y autorizar en 1508 a Ponce de León la conquista de Puerto Rico.
El intento de establecer dos colonias en Tierra Firme se hizo con Ojeda y Vicente Yáñez Pinzón. Al primero se le nombró gobernador de Coquibacoa, zona que correspondía a lo que hoy es la península de la Guajira y al segundo de un territorio que iba "desde la dicha punta de Santa María de la Consolación, siguiendo la costa fasta Rostro Hermoso, e de allí toda la costa que se corre al norueste hasta el dicho río que vos posísteis nombre Santa María del Mar Dulce", es decir, parte de Brasil. Pinzón no pudo salir a su gobernación por varias razones, pero sí Ojeda, que fundó en 1502 un fuerte llamado Santa Cruz, en la península de la Guajira. Resultó un fracaso -el territorio era desértico- y sus socios le hicieron prisionero, despoblando el lugar. De esto vino a resultar un largo juicio en el que Ojeda salió reivindicado.
La creación de la Casa de la Contratación, en 1503, fue la tercera pieza administrativa. Se trataba de un organismo estatal encargado del comercio, "trato y contrato" se decía, con las nuevas tierras descubiertas (además de América incluía Canarias y Berbería), que pretendía monopolizar para la Corona. Se estableció en Sevilla porque era un puerto interior salvaguardado de los ataques marítimos, donde se podían alistar con comodidad las flotas. La Casa recogía cuanto venía o iba a Indias; oro, algodón y algunos alimentos indígenas al principio, y luego azúcar, plata, cacao, plantas medicinales, colorantes, etc. que transformaba en monetario para la Real Hacienda. Enviaba a Indias alimentos, semillas y plantas cultivables, ganado e instrumentos de labranza, y luego azogue, aceite, vino, telas costosas, hilados y artículos de lujo. También se ocupó de los pasajeros que iban a Indias; desde los altos funcionarios hasta los emigrantes debían obtener el oportuno permiso, quedando así registrados. Para su actividad de control de la llamada Carrera de Indias o comercio marítimo con América, debía buscar los barcos adecuados, los pilotos más expertos y las tripulaciones idóneas. Por eso se vinculó a ella el cargo de Piloto Mayor, un funcionario encargado de examinar a los nuevos pilotos para dar fe de su profesionalidad. Además de estas funciones, la Casa tuvo otras de carácter científico y jurídico.
Cuando la realidad americana demostró que la Corona no podía monopolizar el comercio americano, la Casa se convirtió en la gran institución del Estado que fiscalizaba dicho aspecto.